Deci în anul 1839, la vârsta de zece ani, micul Vania şi-a luat zborul de la casa părintească, începând să trăiască în cea mai mare parte a timpului departe de ai săi.
La început s-a aflat la şcoala parohială din Arhanghelsk, apoi la seminar. Pe vremea aceea nu era deloc uşor să te deplasezi, dus şi întors, de la Sura la Arhanghelsk, ţinând seama că nu există cale ferată, şi avem toate motivele să credem că aceste drumuri prin ţinuturile nordice aproape pustii vor fi lăsat urme adânci în sufletul adolescentului. Vara, întorcându-se acasă pentru a-şi petrece vacanţa, parcurgea o mare parte din aceste drumuri cu pasul, mergând zile şi nopţi la rând, de cele mai multe ori desculţ, cu cizmele în mâini, sau atârnându-i pe spate, ca să nu li se tocească tălpile, traversând munţi şi păduri fără să întâlnearcă ţipenie de om.
Probabil că atunci va fi prins părintele Ioan dragoste de natură, obişnuindu-se să vadă în ea lucrarea mâinilor lui Dumnezeu şi tot atunci va fi deprins practica rugăciunii neîncetate. În acelaşi timp îşi călea sănătatea,vointa,puterea de rezistenţă.
Şi şcoala parohială era săracă, săraci erau şi cei mai mulţi dintre elevii care o frecventau şi care, neavând pe ce scrie,erau mereu în căutare de hârtie. Micul Ivan nu înceta să se gândească la sărăcia părinţilor săi cu mare durere în suflet. Există foarte puţine informaţii despre perioada în care părinte Ioan de Kronstadt a urmat seminarul. Se ştie doar că a fost un elev eminent, că a absolvit seminarul tot pe primul loc şi că într-un timp fusese responsabilul grupului de seminarişti care făceau parte din corul arhieresc.
Acestora li se dusese vestea că erau cei mai slobozi în purtări şi cei mai înclinaţi spre beţie şi că fuseseră pe punctul de a-l atrage şi pe eminentul lor coleg. Fapt la care se referă unul din biografii părintelui, ieromonahul Mihail. Dacă luăm în consideraţie şi alte surse de epocă, printre care proza lui Pomialovski, sub acest aspect situaţia din seminariile noastre era departe de a fi ideală. Mai cu seamă în oraşele ruseşti de provincie, unde,prin anii ’40 ai secolului al XIX-lea, puteau fi găsite nu puţine personaje gogoliene.
Din însemnările părintelui Ioan deducem că în anii adolescenţei a trecut printr-o aprigă criză lăuntrică, luptându-se cu acele rele porniri care căutau să-l ducă în ispită şi care îl asaltau, venind din lumea în care trăia. Faptul că a ieşit învingător din această luptă se datorează în cea mai mare măsură zestrei acumulate în anii copilăriei, pe care o ţinea la inamă, şi de care nu s-a despărţit niciodată: ,,Din cea mai fragedă copilărie,din chiar momentul când mi-am dat seama că exist, când voi fi avut patru, cinci ani sau chiar mai puţin, părinţii m-au învăţat să mă rog şi, prin exemplul vieţii lor religioase, mi-au cultivat şi mie, de mic copil, înclinaţii religioase”, scrie părintele. În plus,după ce a început să citească, şi-a găsit un sprijin statornic in Evanghelie.
Odată părintele Ioan i-a spus egumenei Taisia:,,Ştii ce avea să pună început,încă din fragedă copilărie,relaţiei mele cu Dumnezeu, iubirii înflăcărate pe care I-o port în inimă? Sfânta Evanghelie.Părinţii mei aveau o Evanghelie tipărită într-o slavonă rusească, o carte minunată, din care îmi plăcea să citesc când veneam în vacanţă.Avea un stil şi un limbaj simplu,accesibik mentalităţii unui copil, citeam, mă delectam, găsean în această lectură o linişte superioară,de neînlocuit.Am avut la mine această Evanghelie şi în timpul primelor clase de seminar.Pot spune că ea mi-a fost tovarăşă de drum în copilărie,dascăl,călăuză şi mângâiere de care m-am apropiat de timpuriu.”
Sfântul Ioan de Kronstadt 