Există informaţii că, ţinând seama de numărul din ce în ce mai mare de penitenţi, în ultimii ani ai vieţii părintele Ioan practica spovedania inviduală numai în Postul Mare şi în cazuri excepţionale. Celor ce veneau la el să se spovedească le cerea să ţină „govenia” în accepţia comună a cuvântului (o săptămână de post, frecventarea mai deasă a bisericii etc.).
Nu ţinea evidenţa penitenţilor, aşa cum se practica pe atunci. Cei mai mulţi erau din Kronstadt, dar şi din Sankt-Petersburg. Alţii, veniţi mai de departe, se străduiau să ajungă la el şi să se spovedească cel puţin o dată pe an, în restul timpului apelând la preoţii locali. Cercul de penitenţi din jurul părintelui Ioan veniţi să se spovedească şi să se împărtăşească era probabil rodul cel mai de preţ al practicii sale de duhovnic. Veriga dintr-un lanţ viu, care s-a menţinut până în zilele noastre.
Dacă o mai frecventă mărturisire păcatelor, urmată de împărtăşire, a devenit astăzi tradiţie, aceasta se datorează, în mare parte, părintele Ioan. Autorul acestei cărţi a cunoscut oameni care s-au aflat, la timpul respectiv, foarte aproape de părintele Ioan şi care, rămânând fideli îndemnurilor sale şi după trecerea sa la cele veşnice, n-au încetat să se spovedească şi să se împărtăşească de câte ori au simţit nevoia să o facă. Prin cuvântul şi prin exemplul lor i-au chemat şi pe alţii să-i imite, asigurându-şi altfel succesori, cu o atitudine activă, conştientă, faţă de viaţa liturgică.
Cu toate că mulţi dintre cei care îl frecventau obişnuiau să nu înceapă un lucru înainte de a-i cere sfatul, părintele devenind, într-un fel, Bătrânul lor, cu care se aflau în relaţii de „ascultare”, cunoscând modul de viaţă al părintelui Ioan (despre care vom mai vorbi), nu putem să nu fim de acord cu protopresbiterul G.Şavelski, că „părintele nu a avut nici timpul şi nici mijloacele de a deveni un veritabil mentor duhovnicesc (în sensul vechilor „stareţi„). În schimb, explicaţia faimei care i s-a creat rezidă în faptul ca orice cuvânt pe care îl rostea pătrundea adânc în suflete, iar uneori erau de ajuns o singură privire, un singur gest, un singur cuvânt pentru a schimba o viaţă şi a vindeca un suflet zbuciumat”.