Ca o asemenea educaţie [crestina] să aibă succes trebuie respectate două condiţii: în primu rând, ca educatorul să corespundă înaltei sale meniri; în al doilea rând, ca educaţia să nu fie doar creştinească sau mai bine zis teoretic-creştinească, ci şi bisericească (ecclesială). Vorbind despre condiţiile pe care trebuie să le îndeplinească un pedagog, părintele Ioan nu se mulţumea să enunţe doar principii, ci dădea exemple în vorbe, dar şi în fapte. Găsea cuvinte foarte simple ca să exprime esenţialul: „Duhul să nu-l stingeţi, scria el, citându-l pe Apostolul Pavel(I Tes.5,19). Fiecare creştin trebuie să ţină minte acest îndemn, mai cu seamă preoţii şi cei ce se ocupă de educaţia copiilor. Noi suntem cei care trebuie să avem mereu duh arzător în slujirea lui Dumnezeu şi a oamenilor”.
În ce priveşte caracterul „bisericesc” (eccesial) al educaţiei, aceasta era una din temele la care părintele Ioan se referea constant în scris şi în cuvântările sale. Iată ce spunea tot în cadrul unei festivităţi de la liceul din Kronstadt: „Poţi fi savant, şi ca om să nu valorezi nimic. Oare comunarzii francezi nu erau oameni instruiţi, şi totuşi nimeni alţii decât ei au fost cei care au întruchipat în toată grozăvia lor furiile iadului! Trebuie să formăm nu numai oameni culţi şi utili societăţii, ci mai cu seamă buni creştini, temători de Dumnezeu! Să dea Dumnezeu ca din toate cunoştinţele pe care le-aţi primit aici să se formeze în sufletele voastre un întreg armonic, un sistem de cunoştinţe cu o putertnică orientare creştină, cu reguli şi deprinderi care să vă asigure o adevărată instrucţiune creştină. Dar dacă în învăţăceii noştri, sufocaţi de numărul prea mare de lecţii din disciplinele «seculare», laice, vor smulge din timpul afectat slujbelor divine pentru pregătirea acelor lecţii, sau dacă, aflându-se în biserică, le va zbura gândul la lecţii, slujbele bisericeşti nu le vor fi hrană pentru minte şi inimă; dacă se vor plictisi în biserică, atunci demersul pedagogic va suferi o grea lovitură, fiindcă cea mai bună educaţie pedagogică se face tocmai în biserică, prin minunatele, cereştile slujbe, care pătrund până în adâncul sufletului şi până în măduva oaselor”.
Concepţiile pedagogice ale părintelui Ioan de Kronstadt erau construite pe această bază şi aveau să fie puse întotdeauna de acord cu practica pedagogică. Trebuie să spunem că pedagogia religioasă contemporană, atât cea ortodoxă, cât şi cea catolică, se bazează, în linii mari, pe aceleaşi principii pe care îşi construia sistemul său pedagogic părintele Ioan. În această privinţă şi-a devansat epoca. O seamă de element concrete din gândirea sa pedagogică se regăsesc în cele mai noi şi mai moderne metode ale pedagogiei religioase.
Ideea că cultul divin poate şi trebuie să fie un excelent mijloc de educare şi de instruire a sufletului creştinului face parte din orientările promovate cu perseverenţă de părintele Ioan. Relatările despre orele pe care le ţinea ne îndreptăţesc să susţinem că, aflându-se cu elevii în clasă, se străduia să-i facă să înţeleagă cât mai bine slujbele, pentru ca, mai târziu, copiii să nu se plictisească în biserică. Referitor la această chestiune părintele notează în jurnalul său: „Nu cumva răceala faţă de slujbele bisericeşti se produce din cauză că unii nu le înţeleg, iar alţii, chiar dacă vor fi prins ceva despre cultul divin, n-au reţinul esenţialul, fiindcă li s-a vorbit rece, uscat, fără exemple, adresându-li-se exclusiv raţiunii, în timp ce slujbele bisericeşti impun, prin excelenţă, o stare de contemplaţie a minţii şî în acelaşi timp aduc pace, dulceaţă, fericire în inimă”.
În afara indiciilor referitoare la necesitatea de a se veni cu exemple, nu avem, din păcate, alte informaţii precise: va fi apelat părintele Ioan la metode speciale în timpul orelor sale de curs, pentru a-i face pe copii mai receptivi faţă de splendoarea şi bogăţia slujbelor bisericeşti? Se poate spune totuşi că, întrucât pe vremea aceea limba slavona continua să fie cunoscută bine, predarea orelor de liturgică nu era atât de dificilă ca astăzi şi informaţiile care au ajuns până la noi ne fac să credem că succesul părintelui Ioan la orele sale se baza nu atât pe metode speciale, cât mai ales pe personalitatea prefesorului, care, aşa cum am căutat să demonstrăm, îşi înţelegea misiunea perfect. Părintele Ioan, prin ardoarea sa duhovnicească, ştia să aprindă focul duhovnicesc în elevii săi, atât în timpul lecţiilor, cât şi în cel al slujbelor. Ar fi bine ca fiecare pedagog să-şi dea seama că o asemenea ardoare ar trebui să fie mai mult decât o excepţie, pentru a deveni una din bazele oricărei pedagogii serioase. Cu atât mai mult, nu avem motive să credem că părintele Ioan nu bizuia doar pe combustia sa interioară, fiind la catedră un improvizator. Dimpotrivă, el considera necesar ca profesorul să-şi pregătească lecţiile şi, de bună seamă, se pregătea el însuşi. Iată ce spune referitor la această problemă: „Atunci când îi inveţi pe proprii tăi copii sau pe copiii altora, fă din această lucrare o slujire dumnezeiască, învăţându-i cu osârdie, şi gândeşte-te mai întâi ce mijloace vei folosi pentru a preda elevilor cunoaştinţe clare, pe înţeles, pe cât posibil complete şi rodnice”.
Militând consecvent pentru drepturile religiei în educarea tineretului, pronunţându-se împotriva încărcării elevilor cu un exces de ore de predare, nu o făcea pentru că ar fi fost împotriva altor discipline. În treacăt fie spus, în una din cuvântările sale argumentează şi explică amănunţit necesitatea studireii limbii eline.